La Administración Portuaria Integral de Ensenada, recibió nuevamente la certificación de los Sistemas de Gestión de Calidad y Ambiental bajo el esquema del sistema multisitios y de acuerdo a las normas de gestión de Calidad ISO 9001: 2008 y Ambiental ISO 14001:2004; esto de manera conjunta con el resto de las 16 APIS federales de Altamira, Coatzacoalcos, Dos Bocas, Ensenada, Guaymas, Lázaro Cárdenas, Manzanillo, Mazatlán, Progreso, Puerto Madero, Puerto Vallarta, Salina Cruz, Tampico, Topolobampo, Tuxpan y Veracruz.

Bajo el mismo esquema todas las APIS obtuvieron la primera certificación de su Sistema de Gestión de la Calidad ISO 9001 en Diciembre del año 2002, con el objeto de mejorar la calidad en la gestión de sus procesos que impactan en la comunidad portuaria formada por cesionarios, prestadores de servicios y proveedores (empresas locales y extranjeras), con gran impacto en las entidades, en la búsqueda constante de incrementar la satisfacción de los clientes de toda la cadena.

Así mismo, promoviendo y en un constante esfuerzo por reducir los impactos ambientales relacionados, las APIS certifican e integraron en 2004 la Gestión Ambiental ISO 14001, a su Sistema de Gestión de la Calidad, en el cual se identifican las actividades relacionadas con el medio ambiente, establecen controles operacionales y se definen líneas de trabajo a través de programas ambientales con temas como: reforestación, prevención en la emisión de gases de efecto invernadero, difusión de buenas prácticas ambientales, formación de comités ambientales con participación de cesionarios y prestadores de servicios, entre otros, que colaboran al desarrollo sustentable de los puertos y fortalecen entre la comunidad portuaria una cultura de respeto al medio ambiente.