La Administración Portuaria Integral de Ensenada, S.A. de C.V., se crea en junio de 1994, a partir de la promulgación de la Ley de Puertos en 1993, la cual busca asentar el nuevo marco de operación de los puertos mexicanos.

La API tiene como principal objetivo administrar, supervisar, controlar y promocionar bienes, servicios y actividades dentro del Recinto Portuario. Opera con utilidades y recursos propios logrando su autosuficiencia financiera, resultado de ingresos por concepto de cesiones, tarifas portuarias y prestación de servicios.

Asimismo se rige por el Programa Maestro de Desarrollo del Puerto, el cual tiene una vigencia de 5 años y exclusivo de cada puerto, en esta ocasión se cuenta con el segundo programa maestro que comprende 2006-2011. Por otra parte, la API cubre una contraprestación anual al Gobierno Federal por el uso, explotación y aprovechamiento del Recinto Portuario y su poligonal envolvente. El marco jurídico en el que se sustentan las operaciones y actividades de la Administración Portuaria son la Ley de Puertos, la Ley de Navegación, las Reglas de Operación y las distintas disposiciones legales que aplican a su actividad.

Desde 1996 la totalidad de los servicios portuarios son prestados por la iniciativa privada, cumpliendo con los propósitos de modernidad planteados a partir de la Ley de Puertos. De igual manera, los servicios y actividades portuarias sostienen cerca de 2500 empleos directos.