Con el objetivo de habilitar dos posiciones de atraque con mayor capacidad de recepción de buques, desde finales de 2005 a la fecha, se realiza la obra de dragado en el área de los muelles de cabotaje y entremuros, mismos que actualmente son utilizados principalmente para la descarga de escoria, clinker y yeso, varilla, vigas de acero y rollos de alambre, además de apoyar a la flota pesquera con requerimientos para avituallamiento y suministro de combustible.

Esta obra la realiza la Secretaria de Marina, la cual con 3 embarcaciones especializadas: Tepoca, Farallón y Coyuca, están realizando la obra de dragado la cual se estima concluir para la primera semana de Noviembre de 2006.

Como resultado de esta inversión se podrá dar mayor promoción para la recepción y embarque de nuevas cargas, ya que con estas obras de inversión publica el Puerto de Ensenada trabaja para estar en condiciones de ofrecer más y mejor infraestructura.

Además, API Ensenada estará llevando a cabo la realización del dragado en la desembocadura del Arroyo Ensenada, donde se dragarán 70,000 m3, el inicio de obra se estima para la 2da quincena de Octubre de 2006 y el  tiempo de ejecución será de 10 semanas aproximadamente.