17 de septiembre de 1542, descubrimiento de la bahía donde se localiza el Puerto de Ensenada, por el Capitán Juan Rodríguez Cabrillo, en una expedición que realizó y encabezó por órdenes del Virrey de la Nueva España. Originalmente, Ensenada fue bautizada con el nombre de San Mateo.

1602, el navegante Sebastián Vizcaíno la nombró “Ensenada de Todos Santos”, por haber arribado el primero de noviembre.

1824, se empezó a poblar la parte de la bahía de Todos Santos que corresponde actualmente a la ciudad de Ensenada.

1877, se abre oficialmente el Puerto al comercio, correspondiendo a víveres y enseres provenientes del interior del país y algunas importaciones de Oriente.

15 de mayo de 1882.- fundación oficial del puerto y se le otorga su primera categoría política, “Cabecera del Partido Norte y del ilustre Ayuntamiento de la Frontera”.

9 de agosto de 1886, se otorga la categoría de puerto de altura.

1º de diciembre 1919, se otorga la concesión para la construcción de un muelle.

En las décadas de los veinte y treinta, se tuvo un flujo de embarcaciones norteamericanas que aprovecharon la cercanía de Ensenada para esquivar la Ley de Prohibición.

7 de enero de 1938, se publica la disposición de practicaje para el Puerto.

16 de enero de 1952, creación del municipio de Ensenada, con una superficie de 51,952 Km²

25 de febrero de 1955, se publican las tarifas generales de maniobras.

1956, se inicia la construcción del rompeolas principal y de rellenos para ganar terrenos al mar.

1º de diciembre de 1972, se concluye una primera etapa de rellenos, los terrenos ganados al mar, se decretan bienes del dominio público y se incorporan al Recinto Portuario. 

En 1974 se ratifica su habilitación como Puerto de altura.

En 1975 la empresa paraestatal Servicios Portuarios y Marítimos de Ensenada, S.A. de C.V., absorbe los gremios de trabajadores portuarios.

Desde los años cincuenta hasta finales de los ochenta el auge pesquero se convierte en la principal actividad del Puerto de Ensenada.

En 1990, se comenzaron a transportar contenedores por el Puerto.

En 1991, el cambio de dimensión de los buques portacontenedores motivó que dejaran de arribar a Ensenada

En 1993,  el embargo atunero impuesto por Estados Unidos deprimió la captura. Sin embargo, en esos años el arribo de cruceros inició el desarrollo de una importante actividad turística en Ensenada.

A partir de 1994, con la promulgación de la Ley de Puertos, la creación de las APIS y la concesión integral para el uso, aprovechamiento y explotación de los bienes y la prestación de los servicios portuarios en el Recinto Portuario, que le otorgó  la SCT, el 30 de junio, con un nuevo enfoque promotor, el Puerto de Ensenada inicia su modernización, adaptándose a las exigencias del comercio marítimo internacional y conservando su herencia de vocación múltiple.

10 de marzo de 1995, se decreta el actual Recinto Portuario, en donde se prevé una reserva al Sur en 500 metros sobre la línea de zona federal a partir del Espigón del Arroyo El Gallo, quedando en 250.37 ha., su superficie total.

1º de junio de 1998 se inaugura la nueva Base Naval, en una superficie de 9.0 hectáreas.

En 1999 se propone a las Secretarías de Comunicaciones y Transportes y de Medio Ambiente, Recursos Naturales y Pesca, una nueva delimitación, para que el Recinto Portuario de Ensenada quede integrado con una superficie de 88.12 ha., de área terrestre y 249.16 ha., de área de agua, 337.28 ha., en total.